Podczas 46. ceremonii wręczenia Nagród Annie, honorującej projekty animowane z 2018 roku, film Spider-Man: Into the Spider-Verse zwyciężył we wszystkich kategoriach, w których był nominowany. W najważniejszej kategorii „Najlepszy film animowany” pokonał takie produkcje jak „Jaskiniowiec”, „Iniemamocni 2”, „Ralph: Demolka w internecie” i „Wyspa psów”.

Ponadto obraz Sony Pictures Animation zwyciężył w kategoriach: „Najlepsza animacja postaci”, „Najlepsza konstrukcja postaci”, „Najlepsza reżyseria”, „Najlepszy scenariusz”, „Najlepsza scenografia” i „Najlepszy montaż”. Łącznie zgarnął 7 statuetek.

Nagrody Annie (ang. Annie Awards) to nagroda filmowa przyznawana corocznie przez Międzynarodowe Stowarzyszenie Twórców Filmu Animowanego w Holywood (ASIFA-Hollywood) w dziedzinie animowanych filmów fabularnych i animacji telewizyjnych.